A semente primordial da Uniso foi a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Sorocaba. Criada como Faculdade Municipal, em 1951, só começou a funcionar quando o Bispado aceitou administrá-la. Foi em 1954, com dois cursos: Pedagogia e Letras Neolatinas, e apenas 27 alunos. No ano seguinte, três novos curso: Filosofia, Geografia e História. Começo humilde e, paradoxalmente, brilhante para a época. Basta lembrar alguns professores vindos de São Paulo e até do exterior, como Sérgio Buarque de Holanda, Azziz Ab’Saber, Julio Morejon (Espanha), George Raeders (França), Francesca Cavalli (Itália) Jacobus Van Basselaar (Holanda) e Ruth Cardoso. Pouquíssimos, eram, os cursos superiores no interior paulista. E os nossos eram de tempo integral, manhã e tarde, com prédio fechado à noite. De 1958 a 1968, graças a um convênio, o ensino foi gratuito, com professores e funcionário pagos pela Secretaria de Educação do Estado.

Em 1966, começa o curso de Administração de Empresas e, em 1968, o de Matemática. Com a reforma do ensino e a “Época Passarinho” na Educação, foi necessário criar, em 1970, cursos de Técnicas Comerciais, Artes Industriais e Estudos Sociais, e construíram-se novos prédios. Foram cursos circunstanciais, que se esvaziaram e se inviabilizaram no breve espaço de 4 ou 5 anos. Em compensação, Ciências Contábeis e Ciências Econômicas surgiram e se consolidaram.          Depois, de 1988 a 1994, desenvolveu-se o projeto de criação da nossa Universidade (Projeto Uniso). Dentro desse processo, tivemos, em 1992, as Faculdades Integradas Dom Aguirre (FIDA) e, em 15 de setembro de 1994, a criação da Uniso.

Em 1995, começaram a funcionar Análise de Sistemas, Jornalismo, Publicidade e Propaganda e Direito. Em 1996, Comércio Exterior. Em 1997, a habilitação em Letras: Português-Espanhol.
Na pós-graduação, os Cursos de Especialização ganharam grande incremento, a partir da década de 80 e, em agosto de 1996, iniciou-se o primeiro Mestrado da Uniso, na área de Educação.
Em 1998, iniciamos nossa atuação na área da Saúde por meio de cursos de Farmácia e Bioquímica e Terapia Ocupacional. E passaram a funcionar também Hotelaria e Turismo.

Nesse mesmo ano, foram iniciadas as obras da Cidade Universitária, na Rodovia Raposo Tavares, em área de 1.372.000 metros quadrados. A inauguração ocorreu em 30 de julho de 1999.

Em 2000, foi inaugurado o prédio Administrativo, os laboratórios de Farmácia e Bioquímica, Terapia Ocupacional, Turismo e Hotelaria. Em 2001, começaram a funcionar dois cursos novos de graduação: Sistemas de Informação e Nutrição.